নিপোর্টে ৩টি পরিচালনা ইউনিট রয়েছে- প্রশাসন, প্রশিক্ষণ ও গবেষণা। মহাপরিচালক নিপোর্টের প্রধান নির্বাহী কর্মকর্তা। তাঁকে সহযোগিতা করেন পরিচালক (প্রশাসন), পরিচালক (প্রশিক্ষণ) ও পরিচালক (গবেষণা)। মহাপরিচালককে সহায়তার জন্য রয়েছে আরো ব্যাপকসংখ্যক সুশিক্ষিত, দক্ষ ও পেশাদার প্রশিক্ষক, গবেষক এবং কর্মচারীগণ 

নিপোর্টের সকল কাজ তিনটি ইউনিটের মাধ্যমে সম্পন্ন হয়ে থাকে। প্রশাসনিক কাজ যেমন- কর্মকর্তা, কর্মচারীদের বেতন-ভাতাদি, পদোন্নতি, টাইমস্কেল প্রদান, সিলেকশন গ্রেড প্রদান, পদায়ন, প্রেষণ, সাধারণ প্রশাসনিক কার্যাবলী, আর্থিক বরাদ্দ, সকল কার্যক্রমের মনিটরিং ও সুপারভিশন প্রশাসন ইউনিট হতে সম্পন্ন হয়ে থাকে।

প্রশাসন ইউনিটের প্রধান হচ্ছেন পরিচালক (প্রশাসন)। তার সহায়তায় রয়েছেন উপপরিচালক (প্রশাসন), তত্ত্বাবধায়ক (প্রশাসন) ও প্রশাসনিক কর্মকর্তা। করেন

প্রশিক্ষণ ইউনিটের প্রধান হচ্ছেন পরিচালক (প্রশিক্ষণ)। তাঁকে সহায়তার জন্য উপপরিচালক (প্রশিক্ষণ), ঊর্ধ্বতন প্রশিক্ষক, সহকারী পরিচালক, প্রশিক্ষক ও আঞ্চলিক জনসংখ্যা প্রশিক্ষণ ইনস্টিটিউট (RPTI) পর্যায়ে অধ্যক্ষ, প্রভাষক (সমাজবিজ্ঞান), প্রভাষক (মেডিক্যাল), প্রভাষক (নার্সিং এন্ড মিডওয়াইফারি) ও ৪ জন ফিল্ড ট্রেনার রয়েছেন এবং আঞ্চলিক প্রশিক্ষণ কেন্দ্র (RTC) পর্যায়ে ১ জন প্রশিক্ষণ কর্মকর্তা, ১ জন হোম ইকোনমিস্ট ও ১ জন প্রভাষক (প্রাথমিক স্বাস্থ্য পরিচর্যা) রয়েছেন। তাছাড়া, প্রতিটি RPTI ও RTC-তে নিজ নিজ এলাকার মেডিকেল কলেজের অধ্যাপক, সিভিল সার্জন, উপপরিচালক (পরিবার পরিকল্পনা), উপজেলা স্বাস্থ্য ও পরিবার পরিকল্পনা কর্মকর্তা, উপজেলা পরিবার পরিকল্পনা কর্মকর্তা এবং অন্যান্য প্রফেশনাল ও নন-প্রফেশনাল কর্মকর্তাদের সমন্বয়ে রিসোর্স পারসন পুল রয়েছে। তাঁরা সকলেই প্রশিক্ষণ কার্যক্রম পরিচালনায় ভূমিকা রাখেন। মহাপরিচালক প্রধান নির্বাহী হিসেবে এ সকল কার্যক্রম তদারকি ও প্রয়োজনীয় দিকনির্দেশনা প্রদান করে থাকেন।

গবেষণা ইউনিটের প্রধান হচ্ছেন পরিচালক (গবেষণা)। গবেষণা কার্যক্রম সুষ্ঠুভাবে পরিচালনার জন্য তাঁকে ২ জন ঊর্ধ্বতন গবেষণা সহযোগী, ১ জন মূল্যায়ন বিশেষজ্ঞ, ২ জন গবেষণা সহযোগী, ২ জন পরিসংখ্যানবিদ, ১ জন গ্রন্থাগারিক ও ১ জন ডকুমেন্টেশন অফিসার সহায়তা করেন। তাছাড়া নিপোর্ট ICDDR,B, UNFPA, USAID, World Bank, UNDP, JICA- সহ বিভিন্ন উন্নয়ন সহযোগী সংস্থার সহায়তায় গবেষণা কার্যক্রম পরিচালনা করে থাকে। মহাপরিচালক সমুদয় কাজ তদারকি করে থাকেন।